MikroTik didirikan pada tahun 1996 oleh John Trully dan Arnis Riekstiņš di Latvia, awalnya mengembangkan perangkat lunak jaringan untuk perusahaan jasa layanan internet (ISP) nirkabel. Perangkat lunak tersebut bernama RouterOS, yang awalnya dikembangkan dari sistem operasi Linux Kernel 2.2. Seiring waktu, MikroTik tidak hanya fokus pada perangkat lunak tetapi juga mulai mengembangkan perangkat keras pendukung seperti RouterBoard.